Fortsetzung des Cliffhangers:
Die USS Equinox wird von fremden Kreaturen angegriffen, deren Art Captain Ransom zum Antriebsmaterial missbraucht. Janeway jagt die Equinox gnadenlos, während Chakotay versucht, sie zu mäßigen. Ransom erkennt schließlich seine Schuld und opfert sich, um die Kreaturen zu retten. Die überlebenden Equinox-Offiziere werden als Kriminelle inhaftiert.
Drei ehemalige Borg, die einst mit Seven im Kollektiv verbunden waren, bitten um Hilfe. Sie teilen sich immer noch eine unfreiwillige neuronale Verbindung. Seven könnte sie trennen – doch das würde ihr Leben verkürzen. Sie willigt ein. Ein tiefer Schuldkomplex belastet sie.
Torres erleidet eine Nahtoderfahrung und glaubt, in die klingonische Hölle, Gre’thor, gefahren zu sein. Sie sieht ihre Mutter dort und glaubt, diese sei wegen ihr verdammt. Torres muss sich mit ihrer klingonischen Identität aussöhnen, um inneren Frieden zu finden.
Eine der humorvollsten Folgen: Der Doktor erweitert sein Programm mit Tagträumen, in denen er Held, Eroberer und Frauenliebling ist. Als Aliens seine Phantasien abfangen, halten sie ihn für den wahren Anführer der Voyager. Mit dieser Verwechslung rettet er das Schiff.
Paris findet ein Shuttle namens „Alice“, das eine eigene künstliche Intelligenz hat. Das Schiff beeinflusst ihn und verschlingt fast seine Persönlichkeit. Mit Hilfe der Crew wird er befreit.
Tuvok wird durch eine außerirdische Attacke geistig zurückgeworfen. Er verliert seine Logik und entwickelt kindliche Emotionen. Neelix kümmert sich liebevoll um ihn, und beide entwickeln eine tiefe Freundschaft. Schließlich wird Tuvok geheilt – doch Spuren der Nähe bleiben.
Die Voyager entdeckt eine verborgene Zivilisation, die Vaadwaur, die einst durch Subraumkorridore den Delta-Quadranten beherrschten. Sie erwachen aus Stasis und versuchen sofort, ihre alte Macht zurückzuerlangen. Janeway erkennt die Gefahr – die Vaadwaur sind ein verschollenes, aber gefährliches Imperium.
Die Voyager entdeckt ein uraltes Raumfahrzeug aus dem 21. Jahrhundert, verschluckt von einem Anomalien-Phänomen. Chakotay riskiert sein Leben, um es zu bergen. Es wird zu einer Hommage an die frühen Weltraumpioniere.
Seven lädt sich übermäßig viele Daten herunter und entwickelt Wahnvorstellungen. Sie glaubt an eine große Verschwörung, die Janeway und Chakotay gegeneinander ausspielen soll. Am Ende erkennt sie, dass sie Opfer von Datenüberlastung wurde.
Lieutenant Barclay (bekannt aus TNG) arbeitet im Alpha-Quadranten daran, Kontakt zur Voyager herzustellen. Durch ein riskantes Experiment gelingt es: die Sternenflotte nimmt erstmals direkten Kontakt mit der Voyager auf. Barclay spielt dabei eine zentrale Rolle.
Paris hat ein irisches Holoprogramm erstellt – ein Dorf namens Fair Haven. Janeway beginnt dort eine Romanze mit einem Holo-Barkeeper, Michael. Sie verändert seine Programmierung nach ihrem Geschmack – doch erkennt schließlich, dass echte Liebe mehr bedeutet als Kontrolle.
Ein Planet dreht sich so schnell, dass dort Jahrhunderte vergehen, während draußen nur Stunden vergehen. Die Bewohner sehen die Voyager am Himmel als „Sternengott“. Die Crew
beobachtet, wie eine ganze Zivilisation technologisch aufsteigt, bis sie schließlich Kontakt aufnehmen können. Eine philosophische Folge über Zeit und Entwicklung.
Der Doktor wird von einer Spezies verehrt, die Musik nie kannte. Er wird Superstar, doch die Gesellschaft langweilt sich schnell und wendet sich ab. Gekränkt kehrt er zur Voyager zurück – mit einer Lektion über Ruhm und Selbstwert.
Nach einer Mission erleben viele Crewmitglieder traumatische Erinnerungen an einen Massakerkrieg. Es stellt sich heraus, dass ein Mahnmal auf einem Planeten diese Erinnerungen überträgt, damit niemand das Grauen vergisst. Janeway entscheidet, es eingeschaltet zu lassen, als warnendes Erbe.
Seven wird entführt und muss in einer Gladiatorenarena kämpfen. Ihr Gegner ist ein alter Hirogen-Jäger. Mit Paris’ Hilfe befreit die Crew sie. Gastauftritt: Dwayne „The Rock“ Johnson als Alien-Gegner.
Ein Borg-Kubus, bemannt nur von Kindern, nimmt die Voyager gefangen. Die Kinder wurden von den Borg verlassen, da sie „fehlerhaft“ waren. Die Voyager befreit sie. Einer von ihnen, Icheb, wird später ein festes Crewmitglied.
Das Holoprogramm „Fair Haven“ wird fehlerhaft. Die Dorfbewohner bemerken, dass die Crew übernatürliche Kräfte hat, und reagieren wie auf Hexerei. Nach Chaos und Verwirrung wird das Programm stabilisiert.
Eine totgeglaubte Offizierin der Voyager kehrt zurück – als Angehörige einer Spezies, die ihre Toten in neue Lebensformen verwandelt. Sie möchte bei der Voyager bleiben, doch ihre neue Natur zwingt sie, zurückzukehren.
Icheb erfährt, dass seine Eltern ihn bewusst den Borg auslieferten – er trägt ein genetisches Virus, das die Borg schwächen soll. Er ist entsetzt über diese Manipulation, bleibt aber bei der Voyager.
Janeway nimmt drei Außenseiter der Crew mit auf eine Mission, um ihnen zu helfen, sich zu beweisen. Sie lernen Lektionen über Mut, Verantwortung und Teamgeist.
Eine Gruppe von Betrügern gibt sich als Voyager-Crew aus und täuscht andere Spezies. Die echte Voyager muss ihren Ruf wiederherstellen und die Gauner stellen.
Torres stürzt auf einem primitiven Planeten ab. Ein örtlicher Dichter zwingt sie, ihre Erlebnisse zu erzählen und verwandelt sie in Theaterstücke. Torres erkennt, dass Geschichten die Zukunft prägen können.
Kes kehrt zurück – doch als alte, verbitterte Frau. Sie gibt der Crew die Schuld an ihrem Schicksal und attackiert die Voyager. Sie reist in die Vergangenheit (Staffel 1), um das Schiff zu zerstören. Die Crew überzeugt ihr jüngeres Selbst, die Zukunft zu ändern. Am Ende verlässt Kes das Schiff erneut.
Der Holodoktor wird in den Alpha-Quadranten übertragen, um Dr. Lewis Zimmerman, seinen Schöpfer, zu behandeln. Zimmerman ist krank und verachtet seine holographischen
„Kinder“. Am Ende retten sie sich gegenseitig – Doktor und Schöpfer versöhnen sich.
Neelix erzählt den Borg-Kindern eine Gruselgeschichte: Ein fremdes Wesen hat angeblich das Schiff heimgesucht. Die Episode wird als unheimliche Rückblende erzählt – doch am Ende war alles real.
Staffelfinale:
Seven entdeckt im Borg-Kollektiv ein geheimes Traum-Reich: Unimatrix Zero – ein Zufluchtsort für individuelle Borg. Doch die Borg-Königin will diesen Ort vernichten. Janeway, Tuvok und Torres lassen sich assimilieren, um von innen heraus den Widerstand zu unterstützen.
Starke Einzelfolgen über Identität (Latent Image, Tinker Tenor, Blink of an Eye).
Borg-Handlungsstrang spitzt sich wieder zu mit Unimatrix Zero.