Fortsetzung des Cliffhangers:
Die Voyager ist mit den Borg in einer Allianz gegen Spezies 8472 gezwungen. Janeway arbeitet mit einer Borg-Drohne namens Seven of Nine zusammen, die als „Sprachrohr“ des Kollektivs dient.
Während die Allianz voranschreitet, wird Janeway schwer verletzt, und Chakotay übernimmt das Kommando. Er zweifelt an Janeways Vorgehen und bricht beinahe mit der Allianz. Am Ende gelingt es mit einer von der Voyager entwickelten Nanotechnologie, Spezies 8472 zurückzudrängen. Die Borg brechen die Allianz sofort.
Seven of Nine wird von den Borg-Technologien befreit, doch der Prozess ist schmerzhaft. Janeway will, dass sie ihre Menschlichkeit wiederentdeckt. Seven sträubt sich, weil sie das Kollektiv vermisst und ihre Individualität ablehnt.
Gleichzeitig erkennt Kes, dass ihre telepathischen Kräfte außer Kontrolle geraten. Um die Voyager nicht zu zerstören, beschließt sie, die Crew zu verlassen und in eine höhere Daseinsebene aufzusteigen. Als Abschiedsgeschenk schleudert sie die Voyager 9.500 Lichtjahre näher an die Erde.
Torres und Paris testen ein neues Antriebssystem, das schiefläuft. Sie treiben in Raumanzügen durchs All und stehen kurz vor dem Tod. In diesem Moment gesteht Torres Paris ihre Liebe. Beide werden gerettet. Seven beginnt, langsam Aufgaben im Maschinenraum zu übernehmen.
Chakotay stürzt auf einem Planeten ab und kämpft an der Seite von Rebellen gegen ihre
„grausamen“ Feinde. Erst später erkennt er: Er wurde durch Gehirnwäsche manipuliert. Die angeblich brutalen Gegner sind in Wahrheit die Opfer.
Die Voyager rettet ein holographisches Wartungsprogramm, das menschenähnlich wirkt. Dieses empfindet Hass gegen organisches Leben und ermordet fast Crewmitglieder. Parallel gesteht Torres Paris ihre Gefühle auf ihre Art – rau, aber ehrlich.
Seven spürt den Ruf der Borg und flieht. Die Voyager verfolgt sie und entdeckt die Raven, das Schiff, auf dem ihre Eltern die Borg erforschten. Dort wurden sie assimiliert, und Seven (damals Annika Hansen) war ein Kind. Ihre tragische Herkunft wird enthüllt.
Unsichtbare Aliens führen heimlich medizinische Experimente an der Crew durch. Janeway entdeckt sie und steuert das Schiff bewusst in eine tödliche Singularität, um die Aliens zum Rückzug zu zwingen. Sie beweist extreme Entschlossenheit.
Die Voyager gerät in den Machtbereich der Krenim, deren Anführer Annorax mit einem Zeitwaffenschiff ganze Spezies auslöscht, um seine Geschichte zu „korrigieren“.
Über ein Jahr hinweg wird die Voyager systematisch zerstört: Tote, Verletzte, Verzweiflung. Janeway hält die Crew mühsam zusammen. Am Ende opfert sie die Voyager im Kampf mit Annorax’ Schiff – woraufhin die Zeitlinie zurückgesetzt wird. Niemand erinnert sich an das Jahr der Hölle.
Auf einem Planeten telepathischer Wesen wird Torres beschuldigt, gewalttätige Gedanken verbreitet zu haben. Diese Gesellschaft kriminalisiert schon das Denken von Gewalt. Die Voyager deckt auf, dass es in Wahrheit einen Schwarzmarkt für solche „verbotenen“ Gedanken gibt.
Die Voyager wird von Weltraumpiraten überfallen. Janeway entdeckt, dass Leonardo da Vinci (aus ihrem Holoprogramm) von den Dieben übernommen wurde. Gemeinsam mit ihm holt sie wichtige Technologie zurück.
Neelix stirbt auf einer Mission und wird von Seven durch Nanoproben zurückgeholt. Er ist aber erschüttert, weil er im Tod keine Visionen seines Glaubens erlebt hat. In tiefer Depression überlegt er, sich das Leben zu nehmen – doch Naomi Wildman (die kleine Tochter von Samantha Wildman) gibt ihm neuen Halt.
Die Crew wird von Aliens in Traumzustände versetzt und kann nicht mehr aufwachen. Chakotay, ein erfahrener Traumreisender, tritt gegen die Aliens in der Traumwelt an. Er findet einen Weg, sie zu besiegen und die Crew zu befreien.
Seven entdeckt ein Sternenflotten-Kommunikationsnetz. Man kann einen Notruf an ein Schiff im Alpha-Quadranten schicken: die USS Prometheus, ein hochmodernes Kriegsschiff, das gerade von Romulanern entführt wurde. Der Holodoktor wird dorthin übertragen. Mit Hilfe eines zweiten holographischen Arztes gelingt es ihm, das Schiff zu retten – und die Sternenflotte erfährt erstmals, dass die Voyager noch existiert.
Über das Kommunikationsnetz erhält die Voyager erste Nachrichten von der Föderation. Die Crew erfährt Neuigkeiten von ihren Familien – Freud und Leid zugleich. Janeway erkennt, wie weit sie von zuhause entfernt sind, doch auch, dass die Verbindung Hoffnung gibt.
Ein Mitglied von Spezies 8472 strandet an Bord. Seven will es den Jagd-Borg ausliefern, Janeway will es beschützen. Der Konflikt eskaliert. Am Ende rettet Seven das Schiff, indem sie eigenmächtig handelt – gegen Janeways Befehl. Ihr Verhältnis wird ernsthaft belastet.
Seven glaubt, dass ein Händler sie missbraucht hat, indem er Technologie aus ihrem Körper stahl. Unter Hypnose schildert sie den Vorfall, doch später stellt sich heraus, dass ihre Erinnerung unzuverlässig war. Die Crew lernt, dass sie vorsichtiger mit Suggestionen umgehen muss.
Die Voyager wird von den Hirogen erobert, einem Volk, das Jagd über alles stellt. Sie zwingen die Crew, in Holodeck-Szenarien zu leben, u.a. im Zweiten Weltkrieg als Widerstandskämpfer in Frankreich. Nach harten Kämpfen gelingt die Befreiung, doch die Hirogen erhalten am Ende Holotechnologie, um ihr Jagdbedürfnis auszuleben.
Paris freundet sich mit einem Piloten an, der in Wahrheit ein körpertauschendes Wesen ist. Dieses übernimmt Paris’ Körper und versucht, sein Leben zu stehlen. Schließlich enttarnt die Crew die Täuschung.
Die Voyager stößt auf Partikel des Omega-Moleküls, das extrem gefährlich, aber auch unermesslich energiereich ist. Janeway aktiviert das geheime Omega-Protokoll, das oberste Priorität hat: Zerstörung aller Omega-Partikel. Seven ist jedoch fasziniert und sieht Omega als Symbol für Perfektion. Am Ende folgt sie Janeways Befehl, und die Partikel werden vernichtet.
Chakotay verliebt sich in eine Frau, die behauptet, er habe sie schon einmal getroffen. Doch ihre Spezies löscht jede Erinnerung an Begegnungen mit ihnen aus den Köpfen anderer.
Chakotay kann seine Gefühle nicht festhalten – sie verschwinden mit der Erinnerung.
Jahrhunderte in der Zukunft wird der Holodoktor von einem Museum aktiviert. Dort gilt die Voyager als legendäres Kriegsschiff, das Grausamkeiten beging. Der Doktor klärt die Wahrheit auf – und verändert damit das Geschichtsbild dieser Gesellschaft.
Die Voyager landet auf einem „Dämonen-Planeten“, wo die Crew Duplikate ihrer selbst erschafft – sogenannte „Silberblut“-Kopien. Diese beginnen, ein eigenes Leben zu führen und fordern ihr Existenzrecht ein.
Die Voyager muss durch ein gefährliches Nebelfeld fliegen. Die Crew wird in Stasis versetzt – nur Seven und der Holodoktor bleiben aktiv. Seven leidet unter extremer Einsamkeit und Halluzinationen, meistert die Situation aber. Am Ende beweist sie, dass sie trotz Abneigung gegen Individualität Verantwortung übernehmen kann.
Ein Alien namens Arturis übersetzt eine Botschaft der Sternenflotte: Die Voyager soll ein fortschrittliches Föderationsschiff namens USS Dauntless erhalten, mit dem sie heimkehren könnte. Doch es ist eine Falle – Arturis’ Volk wurde durch die Borg vernichtet, und er gibt Janeway die Schuld für die Allianz mit den Borg. Die Crew durchschaut den Plan und entkommt, doch die Hoffnung auf Heimkehr wird erneut zerschlagen.
Einführung und Entwicklung von Seven of Nine als zentrale Figur: vom Borg-Kollektiv zur menschlichen Individualität.
Abschied von Kes, die in höhere Sphären aufsteigt.
Erste echte Verbindung zur Föderation (Prometheus & Nachrichten von zuhause).
Janeway und Seven ringen ständig um Vertrauen, Führung und den Weg zur Menschlichkeit.
Das Staffelfinale zeigt erneut, wie Hoffnung auf Heimkehr zur Falle wird – und dass die Voyager ihren langen Weg noch nicht beendet hat.