Fortsetzung des Cliffhangers:
Die Crew ist auf dem unwirtlichen Planeten gestrandet, geplagt von primitiven Bedingungen und Angriffen wilder Kreaturen. Seska und die Kazon herrschen über die Voyager, doch bald
erkennen sie, dass es ihnen an Erfahrung fehlt, um das Schiff zu kontrollieren.
An Bord befindet sich der vulkanische Mörder Suder (eingesperrt seit Staffel 2). Er opfert sich und sabotiert die Systeme. Der Holodoktor spielt ebenfalls eine wichtige Rolle, indem er Widerstand leistet. Schließlich gelingt es der Crew, zur Voyager zurückzukehren. Seska wird tödlich verletzt, Culluh flieht, und das Schiff ist wieder frei.
Tuvok erleidet eine psychische Krise. Um die Ursache zu finden, führt er mit Janeway eine Gedankenverschmelzung durch. Dabei erleben sie Tuvoks Vergangenheit während des Dienstes auf der USS Excelsior unter Captain Sulu (bekannt aus den klassischen Filmen). Das Trauma stammt von einer früheren Mission, und Tuvok kann sich nun davon befreien.
Harry Kim und Tom Paris werden fälschlicherweise eines Verbrechens beschuldigt und in ein brutales Gefängnis geworfen. Sie tragen eine Implantat-Sonde, die Aggressionen auslöst.
Während Paris langsam den Verstand verliert, kämpft Kim verzweifelt um ihre Rettung. Janeway befreit die beiden – eine weitere Probe ihrer Freundschaft.
Die Voyager durchquert den Raum eines unbekannten, aggressiven Schwarms von Raumschiffen. Gleichzeitig verliert der Doktor durch einen Programmfehler Teile seines Gedächtnisses. Torres kann ihn nur retten, indem sie ein früheres Backup einspielt – doch dies würde seine gesamte charakterliche Entwicklung auslöschen. Am Ende bleibt seine Persönlichkeit erhalten, doch die Gefahr des Systemzusammenbruchs besteht weiter.
Die Voyager entdeckt ein Sternentor, das zwei Ferengi aus dem Alpha-Quadranten in den Delta-Quadranten gebracht hat (sie waren einst in einer TNG-Folge verschwunden). Diese haben sich als Götter eines primitiven Volkes aufgespielt. Janeway versucht, sie zu überführen – doch die Ferengi entkommen erneut.
B’Elanna Torres erhält in Träumen Erinnerungen von einer außerirdischen Frau. Sie erlebt deren tragische Liebesgeschichte mit einem Mann, der gegen gesellschaftliche Regeln
verstieß. Schließlich erkennt Torres, dass diese Visionen von einer älteren Frau übertragen wurden, die wollte, dass die Wahrheit über einen Völkermord ihres Volkes weiterlebt.
Kes fällt in ein Koma, nachdem sie in einem religiösen Schrein verstrahlt wurde. Janeway durchläuft daraufhin ein spirituelles Initiationsritual, um ein Heilmittel zu finden. Am Ende erkennt sie, dass sie die Dinge nicht nur wissenschaftlich betrachten darf – manchmal sind Glaube und Erfahrung stärker als Logik. Kes erwacht.
Ein Zeitreisender aus dem 29. Jahrhundert, Captain Braxton, beschuldigt die Voyager, seine Zeitlinie zu zerstören. Durch ein Missgeschick wird das Schiff ins 20. Jahrhundert (1996, Los Angeles) geschleudert.
Dort entdecken Janeway und Chakotay, dass der Geschäftsmann Henry Starling Technologie aus der Zukunft stahl, um damit reich zu werden. Paris und Tuvok treffen die Astronomin Rain Robinson, die ihnen hilft.
Nach vielen Turbulenzen gelingt es, die Zeitlinie zu retten, und die Voyager kehrt in den Delta-Quadranten zurück – mit der Erkenntnis, dass ein „Temporaler Kalte Krieg“ im Hintergrund tobt.
Kes wird vom Geist eines tyrannischen Kriegsherrn besessen, der ihren Körper übernimmt und eine Rebellion auf seinem Heimatplaneten anzettelt. Ihre Freunde versuchen verzweifelt, sie zu retten. Am Ende gelingt es, den Geist zu vertreiben – doch Kes ist traumatisiert von der Erfahrung.
Q kehrt zurück und bittet Janeway, ihm ein Kind zu schenken – um im Q-Kontinuum einen Bürgerkrieg zu beenden. Sie lehnt ab. Schließlich einigt man sich: Ein weiblicher Q wird seine Partnerin. Gemeinsam zeugen sie ein „Q-Kind“, das Frieden bringen soll.
Janeway und Neelix kehren von einer Außenmission zurück und finden die Voyager leer. Ein Virus, das zu riesigen Insektenwesen mutierte, hat die Crew befallen. Janeway nimmt im Alleingang den Kampf auf – fast wie in einem Alien-Horrorfilm – und befreit ihr Schiff.
Die Voyager erreicht die Grenze zu unbekanntem Raum. Neelix kennt sich nicht mehr aus und hat Angst, nutzlos zu werden. Er wird in Schmuggel verstrickt und bringt das Schiff in Gefahr. Am Ende gesteht er alles, und Janeway verzeiht ihm – er darf bleiben.
Harry Kim verliebt sich in eine Holo-Frau. Doch sie entwickelt ein Eigenleben und richtet ihr Interesse auf Tuvok. Sie offenbart sich als außerirdische Lebensform, die in der Holosimulation steckt, weil sie von Einsamkeit geplagt ist.
Janeway erlebt eine Reihe von Nahtod-Szenarien, in denen sie immer wieder stirbt. Schließlich begegnet sie einem „Geist“ in Gestalt ihres Vaters. Doch sie erkennt, dass es sich um ein Alien handelt, das von ihrer Lebensenergie zehren will. Sie widersetzt sich – und überlebt.
Der junge Vulkanier Vorik wird von seinem ersten Pon Farr überwältigt und versucht, Torres zur Paarung zu zwingen. Auch Torres’ eigene aggressive Gefühle brechen hervor.
Gemeinsam mit Paris muss sie einen Ausweg finden. Die Situation eskaliert fast tödlich, doch Vorik und Torres kommen davon – mit einem tieferen Verständnis füreinander.
Chakotay trifft auf eine Kolonie ehemaliger Borg-Drohnen, die vom Kollektiv getrennt wurden. Sie bitten um Hilfe, sich wieder zu einer „Kooperative“ zu verbinden, um Ordnung zu schaffen. Chakotay wird mental in das Kollektiv eingebunden und erlebt die Faszination wie auch die Gefahr des kollektiven Bewusstseins.
Der Holodoktor erweitert sein Programm mit Persönlichkeitsmerkmalen historischer Figuren, um „menschlicher“ zu wirken. Doch die dunklen Aspekte dieser Persönlichkeiten übernehmen die Kontrolle, und er wird zeitweise gewalttätig. Am Ende erkennt er, dass er seine Identität nicht durch das Kopieren anderer finden kann.
Auf einem Planeten sind Janeway und Neelix in einem Aufzugssystem gefangen, das durch den Orbit reicht. Sie müssen technische Probleme und persönliche Spannungen überwinden. Neelix zeigt, dass er mehr kann, als man ihm zutraut.
Harry Kim glaubt, dass er gar kein Mensch, sondern Angehöriger einer fremden Spezies sei. Diese locken ihn auf ihren Planeten. Doch es stellt sich heraus: Es handelt sich um eine Falle – die Frauen dieser Spezies locken Männer an, um sich von ihnen zu ernähren. Kim entkommt knapp.
Kes erlebt ihr Leben rückwärts: vom Tod bis zur Geburt. Dabei erfährt sie von einer kommenden Bedrohung durch die Krenim, ein Volk, das Zeitwaffen einsetzt. Sie erkennt: Die Zukunft kann verändert werden. Diese Episode ist ein Vorbote für die 4. Staffel („Year of Hell“).
Der Holodoktor erschafft sich eine holographische Familie, um „Menschlichkeit“ zu erlernen. Zunächst ist alles idyllisch – doch Torres programmiert die Simulation realistischer. Plötzlich erlebt er Konflikte, und seine Tochter stirbt bei einem Unfall. Er ist erschüttert, aber reifer geworden.
Ein Forscher eines reptiloiden Volkes entdeckt Überreste eines toten Crewmitglieds und entwickelt die Theorie, dass seine Spezies von der Erde abstammt (ähnlich Dinosauriern).
Dies widerspricht dem Dogma seiner Kultur. Der Forscher wird verfolgt, aber Janeway bestätigt seine Theorie. Die Gesellschaft lehnt die Wahrheit ab.
Nach und nach verschwinden Crewmitglieder und werden durch Mitglieder einer fremden Spezies ersetzt. Diese nutzen eine List, um die Voyager zu übernehmen. Schließlich gelingt es der Crew, zurückzuschlagen und das Schiff zurückzuerobern.
Torres entdeckt ein Holodeck-Programm, in dem die Maquis einen Aufstand gegen die Sternenflotte auf der Voyager starten. Viele Crewmitglieder spielen begeistert damit. Doch dann verändert Seska (die Verräterin aus Staffel 2) das Programm – und es wird lebensgefährlich. Nur mit Mühe gelingt es, die Simulation zu beenden.
Das Staffelfinale:
Die Voyager stößt auf das Reich der Borg. Inmitten ihres Territoriums findet man eine neue, unvorstellbare Bedrohung: Spezies 8472, aus einem anderen Kontinuum, biologisch hochentwickelt, immun gegen Assimilation. Die Borg selbst werden von dieser Spezies vernichtet.
Janeway beschließt, eine Allianz mit den Borg zu wagen, um eine Überlebenschance zu haben. Auf der Brücke taucht eine Borg-Drohne auf – sie soll das Bindeglied zwischen Janeway und dem Kollektiv sein.
Die Staffel führt die Voyager von der Rückeroberung des Schiffes (nach der Kazon-Gefahr) in völlig neue Dimensionen: spirituelle Reisen, persönliche Tragödien, moralische Dilemmata – und am Ende in den direkten Konflikt mit den Borg.
Mit der Einführung von Spezies 8472 erreicht die Serie einen Höhepunkt an Bedrohung. Der Cliffhanger führt direkt in eine der zentralen Storylines von Voyager: Die Allianz mit den Borg und das Auftreten von Seven of Nine (in Staffel 4).