Die Voyager empfängt ein Notsignal aus dem Jahr 1937. Man entdeckt eingefrorene Menschen in Stasis, darunter die legendäre Flugpionierin Amelia Earhart. Diese und andere Menschen wurden einst von Außerirdischen entführt und auf einem Planeten angesiedelt. Dort lebt inzwischen eine blühende menschliche Kolonie. Janeway stellt die Crew vor die Wahl: Hierbleiben oder die Reise nach Hause fortsetzen. Alle entscheiden sich, auf der Voyager zu bleiben.
Chakotay wird von den Kazon-Ogla abgeschossen. Er trifft auf den jungen Kazon Kar, der ihn töten soll, um seine Männlichkeit zu beweisen. Stattdessen hilft Chakotay ihm, und es entsteht eine komplizierte Verbindung. Am Ende lehnt Kar den Mord ab und wird von seiner eigenen Gesellschaft verstoßen.
Der Holodoktor glaubt, er sei ein realer Mensch und die Voyager nur eine Simulation. Immer mehr Indizien bestärken ihn darin, bis sich herausstellt, dass dies Teil einer Täuschung war. Am Ende wird klar: Er ist tatsächlich ein Hologramm, aber seine wachsende Selbstwahrnehmung macht ihn einzigartig.
Ein Schwarm von Wesen beeinflusst Kes’ Biologie. Sie tritt unerwartet in das Fortpflanzungsstadium ihres Volkes ein – Jahre zu früh. Neelix wird dadurch mit der Frage konfrontiert, ob er jetzt Vater werden soll. Gleichzeitig muss Janeway über die grundsätzliche Möglichkeit von Kindern an Bord nachdenken.
Harry Kim wacht plötzlich in San Francisco auf, in einer Realität, in der er nie auf der Voyager war. Dort lebt er mit seiner Freundin, während Tom Paris ein abgestürzter Außenseiter ist.
Kim erkennt, dass ein Zeitanomalie-Unfall ihn hierherbrachte, und riskiert alles, um wieder in die „richtige“ Realität und zur Voyager zurückzukehren.
Eine Raumverzerrung verändert ständig die Struktur des Schiffes. Die Crew verliert Orientierung, Räume verschieben sich, und niemand versteht die Ursache. Schließlich gibt die Crew auf und akzeptiert ihr Schicksal. Das Phänomen vergeht – und nichts wird beschädigt. Eine Lektion in Vertrauen und Demut.
Paris und Neelix geraten in Streit um Kes. Janeway schickt sie gemeinsam auf eine Mission. Dort stürzen sie ab, finden ein verwaistes Alien-Baby und müssen es beschützen. Durch die gemeinsame Fürsorge wächst ein neues Verständnis – ihre Rivalität legt sich.
Ein telepathisches Wesen zwingt die Crew, ihre tiefsten Fantasien und Ängste zu sehen. Janeway wird von Visionen ihrer Holoromanfigur geplagt. Kes’ starke telepathische Fähigkeiten helfen letztlich, das Wesen zurückzuschlagen.
Chakotay findet auf einem Planeten Symbole, die mit der Kultur seiner Vorfahren identisch sind. Dort trifft er auf Aliens, die angeblich vor Jahrhunderten die Erde besucht und sein Volk beeinflusst haben. Chakotay akzeptiert, dass seine spirituellen Visionen mehr sein könnten als nur Metaphern.
Kes wird zu einer Schülerin von Suspiria, der Gefährtin des Fürsorgers. Sie ist weitaus mächtiger als der ursprüngliche Fürsorger und betrachtet die Voyager feindselig. Kes’ Kräfte wachsen enorm, werden jedoch instabil. Schließlich begreift sie, dass sie ihre Kräfte kontrollieren muss, um niemanden zu gefährden.
Die Kazon-Nistrim unter Culluh greifen die Voyager an. Mit ihrer Hilfe arbeitet Seska, die ehemalige cardassianische Spionin. Sie stiehlt Föderationstechnologie. Chakotay versucht,
sie im Alleingang zu stoppen, wird gefangen, aber wieder befreit. Seska offenbart ihm, dass sie ein Kind erwartet – angeblich von ihm.
Auf einem Planeten wird Janeway verletzt und von einem alten Mann namens Caylem gepflegt. Er hält sie für seine verstorbene Tochter. Gemeinsam versuchen sie, gefangene Crewmitglieder zu befreien. Am Ende stirbt Caylem heroisch – und Janeway erkennt, dass er bis zuletzt an die Illusion seiner Tochter geglaubt hat.
Die Voyager findet einen Roboter, den Torres repariert. Dieser bittet sie, neue Einheiten zu bauen, um das Aussterben seiner Spezies zu verhindern. Torres erkennt, dass diese Roboter in einem Krieg verstrickt sind. Sie verweigert die Hilfe – sehr zum Zorn des Roboters, den sie damit rettungslos verdammt.
Janeway überlegt, Allianzen mit anderen Völkern zu schließen, um gegen die Kazon zu bestehen. Sie trifft sich mit verschiedenen Fraktionen – doch Misstrauen und Verrat dominieren. Schließlich beschließt sie, dass Föderationsprinzipien nicht für kurzfristige Macht geopfert werden dürfen.
Tom Paris durchbricht als erster die Warp-10-Barriere. Doch dies löst extreme Mutationen aus: Er verwandelt sich in ein amphibisches Wesen, entführt Janeway und beide paaren sich (!) in einer grotesken Entwicklung. Am Ende werden sie zurückverwandelt – die Episode bleibt berüchtigt.
An Bord wird ein Crewmitglied ermordet. Tuvok untersucht den Täter, den gewalttätigen Suder. Um sein Motiv zu verstehen, führt Tuvok eine vulkanische Gedankenverschmelzung durch – doch dadurch infiziert er sich selbst mit mörderischen Impulsen. Er verliert fast die Kontrolle, bis Janeway ihn retten kann.
Torres erkennt eine cardassianische Superwaffe, die sie einst für den Maquis umprogrammiert hat. Nun bedroht sie einen unschuldigen Planeten. Sie kämpft gegen ihre eigene Programmierung, aber die Waffe erkennt sie als „Feindin“. Mit knapper Not gelingt es, das Schiff zu zerstören.
Ein Mitglied des Q-Kontinuums bittet um Asyl: Er will sterben, weil er die Unsterblichkeit nicht mehr erträgt. Janeway muss in einer Anhörung zwischen Q (John de Lancie) und diesem „Q“ vermitteln. Am Ende erhält er die Freiheit zu sterben.
Der Doktor rettet eine Vidiianerin, indem er ihr Bewusstsein in ein Hologramm überträgt. Er verliebt sich in sie. Doch sie entscheidet sich, ihr echtes – krankes – Leben weiterzuführen. Für den Doktor ist es eine erste Lektion in Liebe und Verlust.
Paris verhält sich rebellisch und kündigt an, die Voyager zu verlassen. In Wahrheit handelt es sich um eine Undercover-Aktion, um Seska und die Kazon auszuspionieren. Der Journalist Neelix deckt die Intrige auf und entlarvt den Verräter an Bord.
Ein Raumphänomen erschafft zwei identische Voyagers. Beide teilen sich dieselbe Energie. Eine wird von den Vidianern angegriffen. Am Ende opfert sich die zweite Voyager, damit die erste überlebt – doch Harry Kim und Naomi Wildman sterben auf der „Haupt“-Voyager. Die andere Voyager überträgt ihre Harry-und-Naomi-Version – und so überleben sie.
Tuvok stürzt auf einem Planeten ab und findet Kinder, die scheinbar dem Tod geweiht sind. Doch sie sind in Wahrheit uralte Wesen: ihre Kultur lebt das Leben rückwärts, sie sterben als Kinder.
Ein Transporterunfall verschmilzt Tuvok und Neelix zu einem neuen Wesen: Tuvix. Er entwickelt eine eigene Persönlichkeit und will leben. Janeway steht vor einer unmöglichen Wahl: Lässt sie Tuvix existieren oder bringt sie ihn um, um Tuvok und Neelix zurückzuholen? Sie entscheidet sich für Letzteres – und Tuvix stirbt gegen seinen Willen.
Janeway und Chakotay infizieren sich mit einer unheilbaren Krankheit und müssen auf einem Planeten zurückgelassen werden. Die beiden richten sich dort ein Leben ein – es entsteht eine zarte Nähe zwischen ihnen. Doch als ein Heilmittel gefunden wird, kehren sie zurück.
Die Spannung bleibt unausgesprochen.
Seska behauptet, ihr Kind sei in den Händen der Kazon in Gefahr. Chakotay will helfen. Doch alles ist eine Falle: Die Kazon-Nistrim übernehmen die Voyager, werfen die Crew auf einem unwirtlichen Planeten aus und lassen sie ohne Technik zurück. Seska herrscht nun an Bord der Voyager.
Die Crew kämpft ums Überleben auf dem Planeten – während die Voyager verloren ist.